La Asamblea General del CIEETS es la máxima autoridad del CIEETS, y en receso la junta directiva representa a la asamblea. Estos órganos de gobierno están sujetos a los estatutos y su reglamento interno aprobados por la Asamblea General que norma sus funciones en concordancia a lo que establece la Ley Número Ciento Cuarenta y Siete (147), Ley General sobre personas Jurídicas sin fines de lucro.
El Centro Intereclesial de Estudios Teológicos y Sociales está conformado por 26 diferentes denominaciones evangélicas que componen una población evangélica significativa además organismos interconfesionales, comités pastorales, gremios comunales. Entre otras denominaciones tenemos:
- Asociación de iglesias de Cristo de Nicaragua.
- Asociación de iglesias Apóstoles y profetas.
- Asamblea de Iglesia Cristiana
- Asociación Iglesia Nacional de Nazareno
- Asociación de Iglesias La Gran Comisión
- Asociación de Iglesias Evangélicas Hermanos Unidos en Cristo
- Asociación de Iglesias Los Embajadores de Cristo
- Asamblea Apostólica Nacional
- Convención de Iglesias Evangélicas Misión Cristiana
- Fraternidad Evangélica de Iglesias Menonitas de Nicaragua
- Iglesia Morava de Nicaragua
- Iglesia de Dios de Nicaragua
- Iglesia Luterana Fe y Esperanza
- Iglesia Evangélica Pentecostés El Buen Samaritano
- Iglesia Apostólica de la Fe en Cristo Jesús
- Misión Pentecostés de Iglesias Cristianas (MIPIC)
- Unión Nacional de Iglesias Cristianas de Salvación
